Las cotizaciones son recursos del Sistema General de Seguridad Social en Salud, que la EPS debe recaudar por delegación del Fondo de Solidaridad y Garantía (FOSYGA). Son recursos considerados parafiscales de destinación específica. El no pago oportuno de las cotizaciones trae las siguientes consecuencias, las cuales están determinadas por la normatividad legal vigente:

PAGO DE INTERESES MORATORIOS: En caso de que las cotizaciones no se paguen en las fechas que establece la normativa legal vigente, deberán liquidarse los intereses de mora correspondientes. (Art. 53 Decreto 1406 de 1999)

SUSPENSIÓN DE LA AFILIACIÓN: Después de un mes de no pago, se producirá la suspensión de la afiliación, por lo cual los costos por los servicios que en materia de salud llegaren a requerir los trabajadores afiliados y sus beneficiarios, serán a cargo del empleador o aportante. (Art. 57 Decreto 1406 de 1999) 

NO RECONOCIMIENTO DE LAS PRESTACIONES ECONÓMICAS: Para el reconocimiento económico derivado de licencias de maternidad, paternidad, o incapacidades por enfermedad general, se debe haber cancelado en forma completa sus cotizaciones como Empleador durante el año anterior a la fecha de solicitud frente a todos sus trabajadores. Igual regla se aplicará al trabajador independiente, en relación con los aportes que debe pagar al Sistema. (Art. 21 Decreto 1804 de 1999)

CONDUCTAS PUNIBLES: El empleador que argumentando descontar al trabajador sumas correspondientes a aportes parafiscales no las remita a la seguridad social y, al ICBF, Sena y Cajas de Compensación Familiar, cuando a ello hubiere lugar, será responsable conforme las disposiciones penales por la apropiación de dichos recursos, así como por las consecuencias de la información falsa que le sea suministrada al Sistema General de Seguridad Social. Será obligación de las entidades de seguridad social, y de las Cajas de Compensación Familiar, ICBF y Sena y de las autoridades que conozcan de estas conductas, correr traslado a la jurisdicción competente. (Art. 7 Ley 828 de 2003)