Son raros los problemas serios causados por esta vacuna. Por lo menos una de cada diez personas que reciben la vacuna tiene algunos efectos que pueden durar hasta un día, como dolor, hinchazón y enrojecimiento en el sitio donde se aplica la inyección, dolor de cabeza, dolor muscular y cansancio. Hay algunos efectos secundarios menos comunes como fiebre, malestar, mareos, diarrea y dolores musculares. Raramente las personas pueden desarrollar urticaria o reacciones alérgicas severas como con cualquier otro medicamento. No se ha encontrado que la presencia de enfermedades graves sea más frecuente en las poblaciones vacunadas que en las no vacunadas, es decir no se ha asociado con el desarrollo de ningún tipo de enfermedad.

De manera ocasional, esta y otras vacunas que se aplican en adolescentes, puede producir desmayo, por lo que se recomienda que la niña se vacune sentada y permanezca sentada durante por lo menos 15 minutos después de la vacunación.​

Sí, se trata de una vacuna muy segura. Esta vacuna ha sido el producto de largas y rigurosas investigaciones científicas que hoy en día garantizan la eficacia contra la infección por el Virus del Papiloma Humano y por ende, contra el Cáncer de Cuello Uterino.

En el mundo se han aplicado cerca de 170 millones de dosis de vacuna; la Organización Mundial de la Salud (OMS), las sociedades científicas internacionales y nacionales, como lo son la Sociedad Colombiana de Pediatría, la Federación Colombiana de Sociedades de Obstetricia y Ginecología, la Federación Colombiana de Asociaciones de Perinatología, La Asociación Colombiana de Infectología, La Asociación Colombiana de Neurología Infantil, entre otras, han acompañado al Ministerio de Salud y Protección Social en esta importante estrategia de prevención de la enfermedad.​

Hipersensibilidad a las sustancias activas o a cualquiera de los excipientes de la vacuna, es decir que las personas que desarrollen síntomas que indiquen una reacción alérgica después de recibir una dosis de vacuna contra el Virus del Papiloma Humano, no deben recibir una siguiente dosis.